Ia dibunuh oleh TNI selama pemberontakan kedua PKI yang tidak berhasil di Madiun 18 September 1948.
Pemberontakan itu menyebabkan pemenjaraan lebih dari 36 ribu anggota PKI dan simpatisannya, dan mengeksekusi 11 pemimpin PKI, termasuk 5 anggota Politburo.
Perwujudan kebijakan Jalan Baru akhirnya diberikan kepada D.N. Aidit dan rekan-rekannya yang memimpin PKI 1951.